基因突变检测：核心项目与临床应用解析

一、基因突变检测的主要技术

1. • 应用：快速扩增目标DNA片段，用于检测已知突变（如EGFR L858R突变）。
   • 优势：成本低、耗时短，适合单一位点筛查。
2. • 金标准技术：精准检测基因外显子的点突变和小片段插入/缺失。
   • 局限性：通量低，难以覆盖全基因组。
3. • 高通量检测：可同时分析数百个基因（如肿瘤Panel）或全外显子组（WES）。
   • 应用场景：癌症多基因分析、罕见病诊断。
4. • 检测大片段变异：如HER2基因扩增、ALK融合基因的定位分析。
5. • 高灵敏度：可检测低至0.1%的突变频率，适用于液体活检中的微量游离DNA分析。

二、核心检测项目与临床意义

三、细分应用场景

1. • 伴随诊断（CDx）：检测EGFR、ALK等驱动基因突变，指导靶向药物选择。
   • MSI/HRD检测：评估微卫星不稳定性（MSI）或同源重组缺陷（HRD），预测免疫治疗或PARP抑制剂疗效。
2. • 新生儿筛查：苯丙酮尿症（PAH基因）、脊髓性肌萎缩症（SMN1缺失）。
   • 产前诊断：通过羊水或绒毛膜取样检测胎儿染色体异常（如唐氏综合征）。
3. • 华法林剂量：CYP2C9/VKORC1基因多态性决定个体化用药方案。
   • 5-FU毒性预测：DPYD基因突变患者需调整化疗剂量以避免严重副作用。
4. • HIV耐药突变：检测逆转录酶/蛋白酶基因突变，优化抗病毒治疗方案。
   • 结核分枝杆菌：rpoB基因突变提示利福平耐药。

四、检测流程标准化

1. • 组织样本：福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤组织需评估DNA质量。
   • 液体活检：ctDNA检测要求血浆游离DNA浓度≥5 ng/mL。
2. • 测序深度：NGS Panel需≥500×，低频突变检测需≥1000×。
   • 生信分析：采用国际数据库（ClinVar、COSMIC）进行突变注释。
3. • 临床意义分级：根据ACMG指南，突变分为致病性、可能致病性、意义未明等。
   • 治疗推荐：参考NCCN/ESMO指南明确靶向或免疫治疗可选方案。

五、未来趋势

1. 单细胞测序：揭示肿瘤异质性，追踪克隆演化。
2. 表观遗传检测：DNA甲基化（如SEPT9用于肠癌早筛）补充突变分析。
3. AI辅助诊断：深度学习模型预测未知突变的功能影响。
4. 多组学整合：联合基因组、转录组、蛋白质组数据提升诊断精度。

结语